Oprócz ochrony granicy państwowej na lądzie i morzu, organizowania i dokonywania kontroli ruchu granicznego oraz zapobiegania i przeciwdziałania nielegalnej migracji, jednym ze szczególnych zadań Morskiego Oddziału Straży Granicznej jest nadzór nad eksploatacją polskich obszarów morskich oraz przestrzeganiem przez statki przepisów obowiązujących na tych obszarach. Działania te realizują przede wszystkim jednostki pływające Kaszubskiego i Pomorskiego Dywizjonu Straży Granicznej, które mają swoje siedziby odpowiednio w Gdańsku i Świnoujściu.
Kontrolami zajmują się tzw. grupy kontrolne, wyposażone w specjalny sprzęt do badania dokumentów, środki łączności, umundurowanie, po to, by skutecznie, ale i bezpiecznie przeciwdziałać próbom naruszania przepisów. To zespoły specjalnie przygotowanych funkcjonariuszy, którzy mają prawo wejść na pokład statku i sprawdzić dokumenty załogi i pasażerów, przeszukać pomieszczenia, mogą też zatrzymać osoby podejrzewane o popełnienie przestępstw.
Przez pięć miesięcy trwania sezonu żeglarskiego funkcjonariusze z dywizjonów i placówek Morskiego Oddziału Straży Granicznej w sposób ciągły patrolują polskie obszary morskie, kontrolując różnego typu jednostki pływające. Zdecydowana większość naruszeń przepisów dotyczy bezpieczeństwa żeglugi, rybołówstwa morskiego i ochrony środowiska. Funkcjonariusze ujawniają jednostki, na których brakuje środków ratunkowych (tratwy, koła, kombinezony ratunkowe) bądź są one przeterminowane, a kontrolowane załogi płyną bez dokumentów i świadectw wymaganych przeszkoleń. Zdarza się, że prowadzący jednostki nie mają do tego uprawnień (jachty i skutery wodne). Niekiedy liczba osób na pokładzie przekracza dopuszczoną w karcie bezpieczeństwa. Nierzadko jednostki płyną po akwenach zamkniętych dla żeglugi i rybołówstwa bądź w rejonach kąpielisk.
Newralgicznym pod kątem bezpieczeństwa akwenem jest Zalew Wiślany, na którym przebiega granica państwowa z Federacją Rosyjską, będąca zarazem zewnętrzną granicą Unii Europejskiej. Wraz z rozpoczęciem sezonu letniego przeprowadzana jest akcja informacyjna dotycząca zasad przekraczania granicy państwowej na Zalewie Wiślanym. Ma ona na celu uświadomienie wszystkim osobom korzystającym z wód Zalewu Wiślanego, że przebiega tam granica Rzeczypospolitej Polskiej z Federacją Rosyjską. W tym celu w portach, marinach, przystaniach i klubach żeglarskich Zalewu Wiślanego rozwieszane są specjalne plakaty z informacjami o obowiązkach i ewentualnych konsekwencjach związanych z przebywaniem w rejonie granicy państwowej oraz jej przekraczaniem. Dodatkowo jako działania prewencyjne, cyklicznie przeprowadzane są spotkania strażników granicznych z osobami uprawiającymi żeglugę po tym akwenie, podczas których informowani są oni między innymi o przebiegu linii granicy państwowej, sposobie jej oznakowania i sankcjach.
W razie jakichkolwiek wątpliwości szczegółowe informacje można uzyskać w morskich przejściach granicznych, gdzie służbę pełnią funkcjonariusze Straży Granicznej.